Évaluer le coût des arrêts de travail est un exercice difficile car ce coût dépend de nombreux facteurs : le niveau de rémunération du personnel, le mode de rémunération (salaire fixe, variables, avantages en nature…), la politique RH (délai de carence pris ou non en charge), la politique de remplacement des absents (remplacement systématique, sur certains postes, à partir d’une certaine durée d’absence…), le mode de remplacement (recours aux heures supplémentaires, CDD, intérim, prestataires externes…), etc.

Les coûts directs sont les moins difficiles à calculer. Ils comprennent :

Les coûts salariaux : délai de carence, maintien du salaire pendant l’absence, complément par rapport aux indemnités journalières de Sécurité Sociale.

Les coûts directs dépendent de la durée des arrêts et de la politique de maintien du salaire de l’entreprise (exemple : délai de carence pour les salariés qui ont une durée d’ancienneté de moins d’un an).

Les coûts indirects sont nombreux et généralement sous-estimés. Ils représenteraient entre deux et quatre fois les coûts directs.

Ils dépendent notamment de la politique de remplacement : le coût est moins élevé quand les absents sont peu remplacés. Ils dépendent également de l’interdépendance des tâches au sein de l’entreprise : une absence au sein d’une chaîne de production travaillant en flux tendus n’a pas les mêmes répercussions qu’une absence dans un service administratif.

Les principaux coûts indirects sont les suivants :

• Les coûts de remplacement  : heures supplémentaires, remplacement des absents, formation du remplaçant, coût d’intégration du remplaçant en phase d’acquisition d’expérience, sureffectif naturel pour faire face à l’absentéisme.
• Les coûts de gestion : gestion administrative de l’absence, gestion du remplacement.
• Les coûts de protection sociale : couverture complémentaire prévoyance.
• Les coûts liés aux dysfonctionnements organisationnels : interruption de l’activité, baisse qualitative et quantitative de production.
• Les coûts d’image : insatisfactions des clients suite à perte de qualité, retard dans les livraisons, etc.
• Les coûts sociaux  : détérioration du climat social, augmentation de la charge de travail pour les salariés présents, risque accru d’accidents, etc.

Tout le monde s’accorde sur le fait que les coûts indirects représentent des coûts cachés importants, plus élevés que les coûts directs. Mais le poids des coûts indirects par rapport aux coûts directs fait débat. La première étude scientifique sur ce sujet estime qu’ils sont 4 fois plus élevés que les coûts directs en ce qui concernent les arrêts suite à un accident de travail.

Il est de coutume de dire qu’au total (coûts directs + coûts indirects) un point d’absentéisme coûte un point de masse salariale, sans que cette équation soit démontrée scientifiquement. Il s’agit d’un ordre de grandeur qui ne dispense pas chaque entreprise de mener son propre calcul pour voir si elle se situe plutôt au-dessus ou au-dessous de cette référence.

Ce sont les arrêts de longue durée qui coûtent le plus à l’Assurance maladie.

D’après la Caisse Nationale de l’Assurance Maladie, les arrêts de moins d’un mois représentent 77 % des arrêts mais seulement 20 % des indemnisations journalières versées par la Sécurité sociale

. En revanche, les arrêts de plus de 6 mois représentent 5 % des arrêts mais 40 % des dépenses d’IJ de la Sécurité sociale.

• Les dépenses d’indemnités journalières versées par l’Assurance maladie aux salariés sont d’environ 10,5 milliards d’euros, soit près de 7 % des dépenses de santé en France. Ce sont les indemnités pour arrêts de travail et maladies professionnelles qui augmentent le plus ces dernières années.
• Les arrêts de plus de 6 mois représentent 5 % du nombre d’arrêts et totalisent 40 % des dépenses d’indemnités journalières.
• Les AT et MP représenteraient en 2010 une charge de 2 à 3 % du PIB d’après la Fondation européenne pour l’amélioration des conditions de vie et de travail.
• Le coût direct pour les entreprises du secteur privé en 2013 serait de 8,8 milliards d’euros, contre 7 milliards en 2012.